Rauga dsRNS vīrusu dzīves cikla izpēte ar progresīvās fluorescences mikroskopijas tehnoloģijas palīdzību

Saccharomyces raugam ir 23% gēnu, kas ir homologi ar cilvēka gēniem, šī ir ļoti būtiska paraugsistēma Homo sapiens šūnu funkcionāliem pētījumiem. Saccharomyces cerevisiae divkāršie RNS vīrusi ir ievērojami ārpusšūnu stadijas trūkuma dēļ. Tie ir plaši izplatīti daudzās DNS virknēs, ieskaitot BY4741 – saimniekorganismu dažādu vispārīgo genomu bibliotēkās. Nesen tika atklāta vīrusa – labdabīgās šūnas sastāvdaļas – spēja būtiski mainīt rauga transkriptomisko ainavu. Tādējādi visiem transkriptiskajiem pētījumiem, kas veikti ar dsRNS vīrusu saturošu raugu, jāveido vīrusa integritāte; tomēr reti kurš no šiem pētījumiem ziņo, ka to dara. Faktori, kas ietekmē raksturīgo vīrusu, var izraisīt pamatīgas izmaiņas transkriptomā, potenciāli apdraudot nesaistītu pētījumu rezultātus.

Lai apskatītu BY4741 celma L-A-1 vīrusa dzīves ciklu, mēs klonējām, sekvencējām un ekspresējām vīrusa genomu. Kapsīda olbaltumvielu marķēja, lai nodrošinātu vīrusu olbaltumvielu optisko izsekojamību, kas ir kompetenta virionu veidošanā. Olbaltumvielu ekspresija no stimulētāja dod iespēju hronoloģiskai izsekošanai, savukārt sadalītu marķieru izmantošana nodrošina telpisko izšķirtspēju. Galvenais mērķis ir pilna vīrusa cikla novērošana no sintēzes sākuma līdz nobriedušu virionu veidošanās brīdim. Nekad iepriekš par dsRNS vīrusu vēl nav ticis ziņots, un tas izraisa lielu interesi sakarā ar vīrusa pilnīgu integrāciju rauga metabolismā.

1. Projekta uzsākšana tiks veikta attiecīgajā mītnes iestādē (Dzīvības zinātņu centrā, Viļņā). Tiks veikta atbilstošo rauga celmu konstruēšana un verificēšana, kā arī vīrusu uzturēšanas funkcionālā analīze.
2. Vīrusa olbaltumvielu un sadalīšanas marķieru lokalizācijas analīze rauga šūnās tiks veikta ar dažādām fluorescējošās mikroskopijas metodēm Heidelbergas universitātē, modernizētajā bioloģiskā skrīninga laboratorija.

Tiešā: Prof. Sauliusa Serva un Dr. Holgera Erflesa pētījumu grupu locekļi (līdz 15).

Netiešā: Dzīvības zinātnes centra (Viļņa, Lietuva) un BioQuant darbinieki, kā arī Infekcijas slimību / virusoloģijas nodaļa (Heidelberga, Vācija) – vairāk nekā 500. No pētniecības rezultātu izplatīšana arī gūtu labumu zinātnieku aprinda (publikācija ir plānota).

Plānots, ka publiskais seminārs Heidelbergas Universitātē notiks 2019. gada 11. oktobrī. Runātājs: Dr. Saulius Serva, Dr. Manuēls Gunkels.