Šūnu likteņā determinēta hromatīna pašorganizācija pēc Heregulina stimulētas gēnu aktivācijas un vēža šūnu diferencēšanos

Projekta norises laiks

01.02.2022. - 31.10.2022.

Projektā iesaistītās valstis un institūcija

flag-LV
Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs
flag-DE
Haidelbergas Universitāte

Projekta mērķis

Projekta ietvaros tiks pētīta hromatīna tīklu reorganizācija diferenciācijas laikā krūts vēža šūnu līnijā MCF-7, liekot īpašu uzsvaru uz retrotranspozoniem. Tīkli, kuri tiks iezīmēti ar fluorescentajām antivielām vai oligonukleotīdu-FISH zondi, tiks apskatīti, izmantojot fluorescences mikroskopiju un vienas molekulas lokalizācijas mikroskopijas metodi. Tīklu dinamika tiks analizēta, izmantojot kvantitatīvās attēlu analīzes, matemātiskās punktu ģeometrijas (Riplija statistika) un topoloģijas (noturīgās homoloģijas) metodes. Nekodējošo RNS transkripcijas un qPĶR dati tiks korelatīvi sasaistīti ar hromatīna dinamikas datiem.

Projekta galvenās aktivitātes

  1. MCF-7 šūnu audzēšana, paraugu sagatavošana, antivielu krāsošana, oligonukleotīdu FISH meetodes pielietošana (Rīgā un Heidelbergā)
  2. ncRNS transkripcijas analīze, qPĶR, molekulārā bioloģija, fluorescences mikroskopija un attēlu analīze (Rīgā)
  3. Super-izšķirtspējas vienas molekulas lokalizācijas mikroskopija, klāsteru analīze ar Riplija distanču frekvences statistiku, puantilistiskā modeļa ģeometriskā analīze, topoloģiskā analīze (Heidelbergā)
  4. Apmaiņas vizītes (Rīgā un Heidelbergā)
  5. Kopīga zinātniskā publikācija

Projekta tiešā un netiešā mērķa grupa

Tiešā mērķa grupa: bakalaura, maģistra un doktorantūras studenti kā arī Dr. Ērenpreisas un Dr. Hausmana zinātnikso grupu dalībnieki(~ 10 personas)

Netiešā mērķa grupa: studenti un zinātnieki no Latvijas, kuri apmeklēs simpoziju (~ 20 personas); zinātniskā komūna, kas lasīs publikāciju par projektā iegūtajiem rezultātiem(~ 10-20 citāti)