Duration of the project
01.02.2022. - 31.10.2022.
Countries and institutions involved in the project
Projekto tikslas (tikslai)
Šiame projekte bus tiriamas chromatino tinklų reorganizavimas diferenciacijos metu krūties vėžio ląstelių linijoje MCF-7, ypatingą dėmesį skiriant kaip tik retrotranspozonams. Tinklai, kurie bus pažymėti fluorescenciniais antikūnais arba oligonukleotidų-FISH zondu, bus apžvelgiami naudojant fluorescencinę mikroskopiją ir vienos molekulės lokalizacijos mikroskopijos metodą. Tinklų dinamika bus analizuojama taikant kiekybinės vaizdų analizės, matematinės taškų geometrijos (Ripley statistikos) ir topologijos (nuolatinės homologijos) metodus. Nekoduojančios RNR transkripcijos ir qPCR duomenys bus koreliuojančiai susieti su chromatino dinamikos duomenimis.
Pagrindinės projekto veiklos ir vieta (vietos), kur veikla (veiklos) vyksta
- MCF-7 ląstelių auginimas, mėginių paruošimas, antikūnų dažymas, oligonukleotidų FISH metodo taikymas (Ryga + Heidelbergas)
- ncRNR transkripcijos analizė, qPCR, molekulinė biologija, fluorescencinė mikroskopija ir vaizdų analizė (Ryga)
- Ypač didelės skiriamosios gebos vienos molekulės lokalizacijos mikroskopija, klasterinė analizė su Ripley atstumų dažnių statistika, puantilistinio modelio geometrinė analizė, topologinė analizė (Heidelbergas)
- Mainų vizitai (Ryga + Heidelbergas)
- Bendra mokslinė publikacija
Vienos dienos simpoziumas: „Self-Organization of Cells during Differentiation and under Cellular Stress Conditions“
Suplanuota data: 2022-07-25
Vieta: Konferencijų salė, BMC, Ryga
Kalbėtojai (provizoriškai): Dr. Jekaterina Ērenpreisa, Ryga; Prof. Dr. Michael Hausmann, Heidelbergas; Dr. Alessandro Giuliani, Roma; Dr. Tālivaldis Freivalds, Ryga; Dr. Reet Kurg, Tartu
Projekto tiesioginė ir netiesioginė tikslinė grupė ir jos dalyvių skaičius
Tiesioginė tikslinė grupė: Bakalauro, magistro studijų ir doktorantūros studentai bei Dr. Ērenpreisos ir Dr. Hausmanno mokslinių grupių dalyviai (~ 10 asmenų).
Netiesioginė tikslinė grupė: Latvių studentai ir mokslininkai, kurie lankys simpoziumą (~20 asmenų); mokslinė komuna, kuri skaitys publikaciją su per projektą gautais rezultatais (~10–20 citatų).
