Funktionsbestimmende Selbstorganisation des Chromatins nach Heregulin- Stimulation von Genaktivitäten und Krebszelldifferenzierung

Projektlaufzeit

01.02.2022. - 31.10.2022.

Im Projekt einbezogenen Länder und Institutionen

flag-LV
Lettisches Biomedizinisches Forschungs- und Studienzentrum
flag-DE
Universität Heidelberg

Ziel des Projektes

In diesem Projekt wird in der Brustkrebszelllinie MCF-7 die Re(organisation) von Netzwerken während der Differenzierung untersucht. Dabei handelt es sich insbesonders um Bestandteile von Retrotransposonen. Antikörper oder Oligonukleotid-FISH fluoreszenzmarkierte Netzwerke werden der Mikroskopie und der Einzelmolekül-Lokalisationsmikroskopie unterzogen. Mittels quantitativer Bildanalyse und mathematischen Verfahren für Punktgeometrien (Ripley-Statistik) und Topologien (persistente Homologie) wird die Dynamik der Netzwerke analysiert. Transkription von nicht-kodierenden RNAs und qPCR-Daten werden mit der Chromatindynamik korreliert.

Hauptaktivitäten

  1. MCF-7 Zellkultivierung, Probenvorbereitung, Antikörpermarkierung, Oligonukleotid-FISH (Riga + Heidelberg)
  2. Nc-RNA-Transkriptionsanalyse, qPCR, Molekularbiologie, Fluoreszenzmikroskopie und Bildanalyse (Riga)
  3. Hochauflösende Einzelmolekül-Lokalisierungsmikroskopie, Cluster-Analyse mittels Ripley-Distanzhäufigkeitsstatistik, geometrische Analyse von Punktmustern, topologische Analyse (Heidelberg)
  4. Austauschbesuche (Riga + Heidelberg)
  5. gemeinsame Veröffentlichungen

Direkte und indirekte Zielgruppen

Direkte:

Studierende, Doktorand:innen und Gruppenmitglieder, die von Dr. Erenpreisa und Prof. Hausmann betreut werden (~ 10 Personen)

Indirekte:

Lettische Studierende und Wissenschaftler:innen, die das Symposium besuchen (~ 20 Personen); wissenschaftliche Gemeinschaft, die die Veröffentlichungen der Projektergebnisse liest (~ 10-20 Zitierungen)