Das Hochschulkontor fördert Projekte, die sowohl die Kooperation im Wissenschaftsbereich zwischen Estland, Lettland und Litauen einerseits und Deutschland anderseits stärken, als auch Projekte die die wissenschaftliche Zusammenarbeit der Baltischen Staaten untereinander unterstützen.

Projekte aus allen wissenschaftlichen Bereichen und in unterschiedlichen Formaten können gefördert werden, z.B. fachbezogene Vorträge und Seminare, Forschungsprojekte, Tagungen, Publikationen, usw.